本发明公开了一种木聚糖酶杂合酶工程菌株的构建方法，首先利用生物信息学比对木聚糖酶XynZF‑2基因序列与耐热木聚糖酶EvXyn11基因序列的同源性，通过N‑端替换将XynZF‑2的N‑端48个氨基酸替换成木聚糖酶EvXyn11N‑端的34个氨基酸，并引入芳香族氨基酸P9Y和H14F，进而在XynZF‑2酶C端继续引入二硫键Cys38‑Cys191、α‑螺旋及cord区域分别引入疏水性氨基酸K164M、G166A、N160I以及V111A、G109A，最后引入糖基化修饰位点E42N和F17S，构建多位点突变杂合酶XynZL，期望杂合酶XynZL的热稳定性有所改善。

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